---Has she agreed to the date for the meeting?---Well,that’s _where_she disagrees.为什么是where

disagree是不及物动词,如果其后要接宾语则需加上with,而此句没有with,说明要填的空不是作为宾语成分,另一方面she disagrees.可视为主谓结构的简单句,句子成分已经完整.缺少一个状语,这个状语可以表示时间、地点、原因、方式···,具体视语境而定,此处用表示地点的where委托,“这就是她不同意的地方”,此外,你可能在纠结为什么不填what,原因同上,句子结构已经完整,不及物动词后不接宾语.如果要填what,句子需转变成：Well,that’s what she disagrees with.