异染色质不同于常染色质的地方在于：

异染色质
（heterochromatin）细胞间期及早前期时仍处于凝集状态的染色质.具有强嗜碱性,染色深,染色质丝包装折叠紧密,与常染色质相比,异染色质是转录不活跃部分,多在晚S期复制.异染色质分为结构异染色质和兼性异染色质两种类型.结构异染色质是指各类细胞在整个细胞周期内处于凝集状态的染色质,多定位于着丝粒区、端粒区,含有大量高度重复顺序的脱氧核糖核酸（DNA）,称为卫星DNA（satel-lite DNA）.兼性异染色质只在一定细胞类型或在生物一定发育阶段凝集,如雌性哺乳动物含一对X染色体,其中一条始终是常染色质,但另一条在胚胎发育的第16～18天变为凝集状态的异染色质,该条凝集的X染色体在间期形成染色深的颗粒,称为巴氏小体（Barr body）.