蓝藻细胞也无质体,色素分散在中央质周围的原生质中,叫周质(periplasm),又叫色素质(chromatoplasm),其中含有光合色素,但无叶绿体.利用光合作用片层进行光合作用.蓝藻的光合色素主要是叶绿素ɑ、ß胡萝卜素和藻蓝素,此外,还含有藻黄素和藻红素,因此藻体多呈蓝绿色,稀呈红色.光合作用的贮藏营养物质是蓝藻淀粉和蓝藻颗粒体.细胞壁是由三到四层构成.绝大多数蓝藻的细胞壁外面都有一层胶质,叫做胶质鞘,其成分为果胶酸和粘多糖.胶质鞘无色,有的因含有非光合作用的色素而呈红、蓝、棕等色.
蓝藻的繁殖主要靠细胞分裂,丝状体种类能分裂成若干小段,每小段各自长大成新个体.少数蓝藻还可产生某种孢子进行无性繁殖.
蓝藻约有150属,1500种,分布很广,但仍以生活在水中的为多,且淡水中的多,海水中的少.
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