3‘端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大影响.不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率,末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基,因此应当避免在引物得3’端使用碱基A.5‘端对PCR影响不太大,因此常用来引进修为位点或标记物.如增加酶切位点等等.
另外,3’端相似性较高的序列,容易导致错配.引物3‘端出现3个以上连续的剪辑,如GGG或者CCC,回事错误引发几率增加.
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