DNA测序(DNA sequencing,或译DNA定序)是指分析特定DNA片段的碱基序列,也就是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)与鸟嘌呤的(G)排列方式.RNA测序则通常将RNA提取后,反转录为DNA后使用DNA测序的方法进行测序.目前应用最广泛的是由Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法(Chain Termination Method).新的测序方法,例如454生物科学的方法和焦磷酸测序法.
Sanger测序法Sanger(桑格)双脱氧链终止法是Frederick Sanger于1975年发明的.测序过程需要先做一个聚合酶连锁反应(PCR).PCR过程中,双脱氧核糖核酸可能随机的被加入到正在合成中的DNA片段里.由于双脱氧核糖核酸多脱了一个氧原子,一旦它被加入到DNA链上,这个DNA链就不能继续增加长度.最终的结果是获得所有可能获得的、不同长度的DNA片段.目前最普遍最先进的方法,是将双脱氧核糖核酸进行不同荧光标记.将PCR反应获得的总DNA通过毛细管电泳分离,跑到最末端的DNA就可以在激光的作用下发出荧光.由于ddATP,ddGTP,ddCTP,ddTTP(4种双脱氧核糖核酸)荧光标记不同,计算机可以自动根据颜色判断该位置上碱基究竟是A,T,G,C中的哪一个[2].
454生物科学和焦磷酸测序法454测序法由454生物科学发明,是一个类似焦磷酸测序法的新方法.2003年向GenBank提交了一个腺病毒全序列[3],使得他们的技术成为Sanger测序法后第一个被用来测生物基因组全序列的新方法.454使用类似于焦磷酸测序的方法,有着相当高的读取速度,大约为5小时可以测两千万碱基对[4].
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